南瓜种子含有大量的脂肪和脂肪酸, 粗脂肪含量达到40.4%- 41.0%，高于大豆( 20%) 略低于葵花籽( 51.5%)。脂肪酸组成中不饱和脂肪酸含量为76.9 %，平均比大豆油( 84.3%)、葵花籽油( 89.4%) 略低。南瓜籽油占南瓜籽干重的35%- 50%, 最高可达64.4 %, 含有丰富的维生素E、叶绿醌。

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东北农业大学对籽用南瓜的脂肪及脂肪酸含量进行分析, 结果表明: 粗脂肪含量37.94%-59.36%，不饱和脂肪酸28.35%-80.84%。不饱和脂肪酸主要为亚油酸、油酸、棕榈油酸, 其中亚油酸含量达到43.0%- 64.0%，与大豆油、葵花籽油接近, 可以满足人体对食用油中亚油酸的需要。

南瓜籽油具有降血脂、血糖, 抑制血小板聚集和血栓形成的作用；能改善糖尿病大鼠的糖耐量, 有效预防湿疹, 抗过敏；南瓜籽油中还含有1种称为男性荷尔蒙的生物活性成分,对泌尿系统及前列腺增生具有良好的治疗和预防作用。南瓜籽油作为1种自由基清除剂可用于动脉粥样硬化、冠心病等的防治。

对南瓜籽油的物理化学性质和脂肪酸组成的研究表明:这种油属于脂肪液体油，由脂肪酸甘油三酸酯和磷脂、甾醇类、生育酚、维生素、色素组成。生南瓜籽可治疗产后缺乳和慢性前列腺炎；南瓜籽中含多种氨基酸能驱人体内寄生虫( 蛔虫、绦虫、血吸虫) , 对治疗血吸虫病及晚期血吸虫腹水等症状均有疗效。

南瓜籽周围的瓜囊中含有能抑制细菌生长的抗菌活性物质, 该物质是瓜囊中的脂溶性成分, 该抗菌活性物质对霉菌、细菌以及用热处理不能使细菌芽袍死亡的耐热性菌--枯带杆菌均有抑制效果。

南瓜种子含有维持正常生理功能所必需的矿质元素, 如大量元素K、Ca 、Na、Mg、P 及微量元素Cu、Fe、 Mn、 Zn。南瓜种子中各种氨基酸和矿物质利用率都很高, 分别为93.75%和58.84%。